同年五月，卢循从临海进犯东阳，桓玄派遣抚军中兵参军刘裕带兵进攻卢循。卢循失败，逃往永嘉。

元兴二年(公元403年)正月，卢循派他的姐夫司马徐道覆进犯东阳。二月，建武将军刘裕率军击败徐道覆。9

八月，刘裕在永嘉打败卢循，乘胜追击卢循到晋安（地区），再次将他打败。卢循形势窘迫，于是渡海向南逃走。

九月，卢循攻打广州南海郡的治所番禺（今广东省广州市），广州刺史吴隐之率军固守抵抗。十月，卢循夜袭攻陷番禺，抓获吴隐之，将城中府舍、民居焚烧殆尽。卢循于是自称平南将军，自己主持广州事务。

卢循下令聚集焚烧数万死者遗骨，共同安葬在洲上；并派徐道覆攻打始兴，抓获始兴相阮腆之。

到了义熙元年（405年）四月，卢循派遣使节前往东晋都城建康（今江苏省南京市）进献贡品。当时东晋朝廷刚刚诛灭桓氏，内外多事，没有时间前往征讨卢循。四月二十一日，朝廷任命卢循为征虏将军、广州刺史、平越中郎将。徐道覆为始兴相，权示羁縻。

卢循赠送给刘裕益智粽（一种粽子），刘裕回赠给他续命汤。

续命汤，乃是中医方剂名。出自《外台秘要》卷十五引《深师方》。具有调和六腑，安五脏之功效。主治大风，风邪入心，或心痛彻背，背痛彻心，去来上下，惊恐，小腹胀满微痛，乍寒乍热，心中闷状如微温，进退无常，面赤，或白或黄。

卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞游说卢循道：“王诞我本来不是军旅出身，留在这里也没什么用处。我一向被刘镇军厚爱，如果能够回到北方去的话，一定会得到他的委派重用，这样，不管是为公为私，遇到机会，我一定要报答您的厚恩。”

卢循认为他说得很对。这时刘裕写给卢循一封信，让他派吴隐之回去，卢循没有听从。王诞又对卢循说：“将军这次扣留吴公，对公对私都不是好计策。孙策岂能不想扣留华歆？只是因为一个地方容不下两个君长罢了。”于是，卢循派吴隐之与王诞一起回去。

及义熙六年（410年），刘裕带兵北伐南燕，徐道覆得知后，便派人劝说卢循乘东晋空虚之机袭击建康，卢循没有听从。

徐道覆亲自来到番禺，向卢循游说道：“我们住在这五岭以南的地区，难道你还以为是因为理该如此，并且可以把它传给子孙吗？我们正是因为刘裕力量强大，很难跟他为敌才这样的。刘裕的大军集结在坚固的城池之下，什么时候回来还说