但碇源堂执意要求他将其击杀

为此不惜使用傀儡系统(类似于人机代打)

强行操控真嗣驾驶初号机将其击杀

真嗣觉得自己亲手杀了自己的朋友而从此不愿驾驶EVA，离开了NERV。

剧情从这里开始发生分支。

原线剧情（动漫1-24+死与新生）：

第十四使徒来了

第十四使徒力天使拥有所有使徒中最强的at力场

明日香驾驶二号机败北

凌波丽为了人类抱着炸弹强行突破了它的at力场想要和它同归于尽

炸弹爆炸

但力天使仍旧没死

凌波丽的这个复制体，和真嗣、明日香相处了一段时间，由于唯的先天缘故对真嗣抱有特殊好感的复制体死亡

为了人类

真嗣不得不回归，驾驶初号机出战

初号机不敌

就在初号机的手臂被截断，即将被杀的时候

唯出手了

初号机暴走

将力天使击杀并吞噬了它的S2机关

使徒的S2机关作为它行动的核心，可以视作一枚小的生命果实

而人类的灵魂中蕴含有智慧果实

初号机的机体得自莉莉丝

蕴含有智慧果实

初号机得到补全

生命果实+智慧果实的补全

这个时候初号机已经可以视作一个小的了

seele见到这一幕之后意识到了情况失控

seele和碇源堂的目的都是人类补全

但前者要的是全人类的集合，是一个全人类在其中，没有谁为主，谁为辅的神

而碇源堂要的是自己作为主动，自己可以在其中重新见到唯的神

不过因为使徒尚未消灭，NERV作为对使徒机构，其中的EVA本身就是最强的武器

所以他们并未动手

后面出现了第十五天使——鸟天使

由于身处太空的缘故，nerv让明日香使用朗基努斯之枪将其击杀

失去了朗基努斯之枪的约束，莉莉丝下半身快速生长，形成腿部

但实际上这只是个幌子

朗基努斯之枪可以贯穿【AT力场】

seele之前对于碇源堂只是怀疑

但在朗基努斯之枪失去后，意识到了