为人类的未来不应该交给一个组织来决定

但她又无法拒绝SEELE

所以她自愿参与了初号机的研发

然后在研发过程中用’实验失败‘的借口将自己融入了初号机中，为初号机赋予灵魂的同时保证了初号机仅有她的儿子可以使用

因为她的儿子就是她选定的——决定人类未来的人

但她疏漏了自己的丈夫，碇源堂

碇源堂原本和她结婚其实是想要以她为跳板加入SEELE

成功和她结婚后果然加入了其中

但加入之后

或许是她的人格魅力太过惊世骇俗

碇源堂真的爱上了她

在她融入了初号机消失之后

碇源堂的目标变了

从原本的加入seele

变成了想要再见她一面

于是他自己瞒着seele使用莉莉丝的灵魂，结合真嗣他妈的部分信息制作了一个人造人——凌波丽

凌波丽拥有着唯的脸，唯的部分信息

然后为了确保儿子作为计划的主题不会变，他故意将儿子丢在了一边加厚他的心灵障壁

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来到剧情开始

第三使徒水天使苏醒

水天使来临的当下

NERV总部中暂时仅有凌波丽，零号机驾驶人一人

而凌波丽由于人造人的本质，每天都需要浸泡在莉莉丝的LCL液体中确保身体的维持

所以为了处理水天使

也为了确保计划开始

他呼唤回了自己的儿子——真嗣

由于唯的提前操作

初号机就相当于唯本身

哪个母亲不爱自己的孩子呢？

真嗣顺利驾驶初号机处理了水天使

后面又调来了一个德国分布的EVA驾驶员——明日香

就这样

真嗣、明日香、凌波丽EVA三人组成立了

他们依次处理了后面许多使徒，产生了默契

真嗣和明日香因为相处还逐渐诞生了些许情愫

直到第十三使徒——霰天使

霰天使的本质是可以入侵其他eva机体并加以操控的特殊使徒。

而它入侵的机体是刚刚研发出来，由真嗣的好朋友驾驶的三号机

真嗣知道其中的是自己好朋友之后不愿将其击杀