日赐死。

晋安帝于是下诏说：“ 刘毅傲慢骄纵凶狠残暴，长期行走霜上而不警惕严寒冰冻将至，中间招致覆灭惨败，早应明正典刑处决示众。但晋法宽大仁厚，依旧受到宠信并授予要职。而刘毅不引咎自责，心怀不满日甚一日。幸赖宰相包容宽恕，使他随其心意而不加遏止，又推荐并帮助他经略西方重镇，使其光宠荣耀增长到极点，希望他能感恩戴德洗心革面，改过自新。而刘毅不思悔改，立志做行恶奸徒，欺上凌下,放纵无度。既已解除都督职任，江州不再归他统辖，而他竟擅自迁移部众，带走全部军资，指挥命令过去的部下，大树亲信党羽。豫州西府二局，文武将佐一万有余，刘毅将其全部强行留用，不曾向朝廷回报片言只语。恣肆骄纵，欲望膨胀，目无朝廷。又与其堂弟刘藩遥相呼应，招聚剽悍狡诈之徒，修缮战甲拥兵自重，外托看视兄长疾病，实则窥伺时机，同党相互帮衬,图谋统领荆郢之地。尚书左仆射谢混凭借家世资望，超格蒙受朝廷厚遇，竟轻佻浮躁，行为不检，造成了祸乱，煽动内外，与刘毅相勾结图谋不轨，是可忍，孰不可忍！”

刘裕于是一面自请讨伐刘毅，刻日召集诸军，仗钺西征。真是辣手。

授前镇军将军司马休之为平西将军荆州刺史，随同前往，且遣参军王镇恶，龙骧将军蒯恩，带领前队军士，掩袭江陵。王镇恶用轻舸百艘，昼夜兼行，伪充刘兖州旗号，直至豫章口，荆州人士，尚未知刘藩死状，总道是刘藩西来，绝不疑忌。王镇恶舍舟登岸，径达江陵。

刘毅探悉实信，急欲下关，已经被王镇恶闯入，关不及键，兵不及甲，顿时全城鼎沸。刘毅率左右数百人，驰突出城，夜晚的时候投靠佛寺，寺中僧人不肯收纳，无奈之下，仓猝自缢而死。

王镇恶搜得刘毅的尸体，枭首市曹，并将刘毅的所有子侄，一并杀毙。

越数日，刘裕军队至江陵，捕杀郗僧施，宥免毛修之，宽租省调，节役缓刑，荆州人民甚为大悦。遂留司马休之镇守江陵，自己则率领大军返回京师。

先是刘裕西行时，留豫州刺史诸葛长民，监太尉军府事，又加刘穆之为建威将军，使佐长民。诸葛长民听闻刘毅被杀，私语亲属道：“昔日醢彭越，今日斩韩信，恐我等亦将及祸了！”

诸葛长民的弟弟诸葛黎民献议道：“刘氏灭亡，诸葛氏岂能独免？宜乘刘裕未归时，速图为是。”

诸葛长民听了，犹豫未决，潜问刘穆之道：“人言太尉与我不平，究为何因？”穆之道：“刘公泝流远征，以老