刺史谢琰与镇北将军刘牢之前往镇压，孙恩在得八郡响应下原打算攻陷建康推翻东晋，知道刘牢之兵临钱塘江时就打算割据会稽，以钱塘江与东晋分庭抗礼；不久刘牢之渡江，孙恩被逼率其所虏略的二十多万民众撤回海岛。当时孙恩在逃走时故意沿途留下掳劫得来的财宝器物以及年轻男女，争取刘牢之追军争相抢夺的时间以便逃亡。

后凉的龙飞四年，中国东晋隆安三年，（公元399年），后凉王吕光患病，后因病逝沉重，于当年十二月（400年年初）册立太子吕绍为天王，自称太上皇帝。他自感“开基既难，守成不易”，临终之时交代吕绍以庶兄吕纂、吕弘分掌军政大权，并嘱咐他们要兄弟和睦以共同应对当时国家“外有强寇，人心未宁”的困难局势。随后，吕光病逝，终年六十三岁。

吕绍秘不发丧，因畏惧吕纂之势，欲让位于吕纂。但吕纂却联合吕弘发动政变，逼死吕绍，自立为大凉天王。他将吕光葬于高陵，上庙号太祖，追谥为懿武皇帝。

隆安四年（400年）五月，孙恩率部众攻浃口（今镇海口），入余姚，破上虞，抵山阴县北之邢浦，被谢琰参军刘宣之击退后不久再度进军邢浦，并逼近会稽，守城的谢琰出战但战死。孙恩及后转攻临海。谢琰战死令朝廷大惊，派了桓不才、孙无终和高雅之领兵镇压。十一月，孙恩在余姚大败高雅之，但刘牢之及后却击败孙恩，孙恩再度逃入海岛。

隆安五年（401年）二月，孙恩率众第三次登陆，又攻浃口，进攻句章，但不能攻下并受刘牢之进击，于是撤回海岛。三月，孙恩第四度登陆，转攻海盐，但白天攻城遭刘裕击退，夜间试图进攻又被刘裕设计击败，孙恩于是转攻吴国内史袁山松守的沪渎。五月孙恩攻沪渎并杀袁山松，又从海路进至京口（今镇江），图取东晋京师建康，刘裕追孙恩至丹徒，以少胜多，大量孙恩部众堕海或堕崖，令孙恩狼狈登船逃走。不过孙恩仍自恃人多，不久就重整兵力再进建康，司马元显率兵拒战亦屡战不利。孙恩渐渐逼近，不过此时朝廷已经陈兵待战，豫州刺史司马尚之亦入援建康，孙恩趁虚掩袭建康的图谋失败，于是至新洲后就撤退，北走郁州。孙恩在郁州曾击败来攻的高雅之并俘虏他，但及后刘裕来讨，多场战事后孙恩大败，实力锐减，于是沿海南逃。南逃期间刘裕仍然一直追击，于是在沪渎又大败孙恩，孙恩于是在浃口再逃入海中。

第二年，晋朝廷改年号元兴，元兴元年（402年），司马元显讨伐桓玄，司马道子获授侍中、太傅，并将骠骑将军府中幕僚都