由此，引起巫妖大战。巫族有剩余十祖巫，妖族有东皇太一凭借周天星斗大阵和混元河洛大阵守护天庭。经此一战，东皇太一与祖巫俱身损。若干上古妖族身亡，剩余有的躲藏起来，有的归附仙道(如灵宝道君所创截教，被尊称为通天教主)，巫妖两族由此势弱。

此后阐教(元始天尊所创，其弟子有云中子、十二金仙等)、截教(大弟子多宝道人，无当圣母等等)兴起。接引道人演沙门，立西方教，接引道人即为佛主阿弥陀佛，准提道人则为二教主。人间界仍有大巫部落，视妖族、人类为一族(人为女娲所造)，仍大战不休。九黎部落蚩尤举部落之力，以巫族秘术造十二都天神煞大阵，欲聚十二祖巫之灵为己所用。但人教大兴，轩辕拜师于广成子(广成子为阐教十二金仙之首)，广成子助轩辕杀蚩尤，灭其部落，轩辕遂为人皇。

其后，轩辕孙颛顼氏又伤巫族首领九凤，灭其族。至此，巫族不成气候。至大禹时，人教达顶峰。后白起被真武荡魔大帝化身徐福用计镇压进山河社稷图，嬴政与勾陈双双身陨，此后，人间界巫族几乎销声匿迹。人间界经巫妖大战后，被打碎成无数块，散落成宇宙，再也不能合拢。六道轮回附近，因太阳星、太阴星残存下来，碎块形成地球，因被阴阳滋润，故有灵气。人间界居民剩余大部分仙、妖、人中，有神通者俱都搬往地仙界，与早先移民过去的居民共居地仙界，有大神通者纷纷开宗立派，地仙界中修行成风。而散落于洪荒深处的居民，因路途无限遥远，却回不来了。东皇太一身损后，三清推举鸿钧身边童子童女为天庭玉帝、王母。巫妖大战后，阿修罗一族出幽冥血海，在地仙界、人间界传下道统，为阿修罗魔教，亦名大乘魔教。偏颇教义的法门，结合了巫法、妖术，仙法，为小乘魔教。

盘古涅磐，元神结合清气上升而成三清，是为太上老君、元始天尊、通天教主。精血结合浊气下沉，集天地混沌五行成灵，是为巫族，传说化身有十二祖巫。是以十二祖巫以及三清皆乃盘古正宗。巫族天生肉身强横无匹，吞噬天地，操纵风水雷电，天山移海、改天换地。

妖族有帝俊、东皇太一，妖师鲲鹏，十太子(十大金乌)，十二妖神(商羊、陆开明兽、计蒙、英招、白泽、穷奇、甪端、钦原、鬼车、毕方、九婴、重明鸟)，三百六十五周天妖神。还有亿万妖族妖兵。盘古开天后，妖族、巫族两族为洪荒天地主角。

祖巫好战，共工与祝融因水火不相容，在不周山大战，双双身损，其间共工怒触不周山，天柱断，女