圣平军余部进入闽南漳州，对浙江和广东都构成了极大的威胁，当时左季皋所部驻防于闽省东北，由于圣平军转进江西的去路已然被截断，圣平军极可能入粤，作为广东省百姓衣食父母的郭筠仙忧心如焚，派人去请淮军的郭松林部和杨鼎新部由海道前往广东协防。而时任闽浙总督的左季皋为了防范圣平军汪浩洋部转进浙江，李侍贤部逃往苔湾，奏调娄庆云部、席宝田部由江西进入广东协防，而且军饷由广东负担。而郭筠仙认为娄庆云军应“专责严防江境”，于是奏请娄军停止入境，结果惹得左季皋大为不快。

随着军情紧急，郭筠仙仍力促淮军入境，防堵圣平军，而左季皋则奏请淮军回防江苏，坚决不欢迎老对头李绍泉的淮军部队到来，同时，为了闽浙的安全起见，左季皋甚至打起了“以邻为壑”的主意，想要把圣平军余部尽数驱赶入粤，结果和郭筠仙发生了激烈的争论和冲突。不久朝廷任命左季皋节制闽、浙、粤三省军务，左季皋从法统上取得了督粤的权力也就是领导郭筠仙的合法性。为了不让郭筠仙再阻碍自己，左季皋连上四折参劾郭筠仙，不过不是说军事布署上的事，而是称郭筠仙“筹饷不力”，尤其责备粤省督抚不和，“至督臣之于抚臣，虽有节制之义，然分本等夷，彼此当以协恭为尚。遇有意见不和，则力争之，退则依然朋友之素，此和而不同之君子也。若必以相忍为和，则树党养交，弊从此起。臣下之利，非朝廷之利，臣愚以为臣下意见不妨时有，而是非要不可不明。”并且在折子里还提供了广东巡抚的候选人，迫使朝廷罢免郭筠仙的意思非常明显。结果郭筠仙被免职，被迫归乡闲居。

对于左季皋的作法。郭筠仙直到现在也还都想不通：

“……最不可解者。与某公至交三十年。一生为之尽力……嗣是一意相与为难，绝不晓其所谓，终以四折纠参，迫使去位而后已。意城在湖南寓书告其某公力相倾轧，问有所闻否？鄙人尚责其不应听信浮言，迨奉解印之信，始知其四折相逼之甚也。”

郭筠仙想不明白，二人同为湘籍。更有姻亲之谊。谚云打虎亲兄弟、上阵父子兵，于私于公，左郭二人都应和衷共济，共襄军务为是，却不曾想左季皋竟然做得如此出格，令郭筠仙愤恨不已。

更加过分的是，左季皋随后还给郭筠仙发了一封私函：“遇有龃龉，应据实直陈，各行其是，惟因争权夺势相倾轧则不可耳。……”

“阁下力图振作。而才不副其志，徒于事前诿过、事后弥缝。何益之有？”

“因忠而愤，以直而亢