被问及最多的就是传教士来华的目的何在。

在第一项罪名审理结束之后，进入第二项罪名的审理造妖书惑众。其审理核心在于，基督教究竟是不是不正当的宗教。承审官员认为念经、修建教堂、施以洗礼、以赦免罪孽为名哄骗男女入教都是邪教所为，并非正当宗教。

传教士们根据《教要》详细解释，指出天主教只是“尽行教诲教徒虔诚改过行善，以释己罪”。承审官员最不可理解的是，凡入教之人均不得为祖先烧纸这一条教规，认为“仅就不准教徒为祖先烧纸一事而言，确为邪教无疑”。

综合之前审讯的结果，11月11日，礼、吏二部总结了汤若望包括“欺人惑众”、“状如邪教”在内的14条可疑之处及罪状，决定将汤若望等人革职并交刑部议处。

康熙三年11月20日，汤若望、李祖白等被押入刑部监狱。这时，5人都被革职，不再享有官职身份，被戴上枷锁等候宣判。

康熙三年12月间，刑部针对谋叛和邪教的指控提出如下处理意见：汤若望为首犯，拟以立绞；李祖白等人为行邪教之从犯，拟杖四十，流放宁古塔。

事情并没有到此为止，杨光先又提出来针对汤若望等人的第三项指控荣亲王葬期一事。此案涉及皇家子嗣，事关重大，其他罪名的审理都被这一指控所掩盖。荣亲王是顺治帝第四子，母亲董鄂妃。四皇子生下数月即夭折，未及起名，后追封为荣亲王。

杨光先指责汤若望等人在选择荣亲王葬期时，使用洪范五行，与风水多有冲撞，十分不吉。杨光先还引用了一位“谙熟地理”之士的说法：李祖白等人在选择葬期时使用的是《蛮灭经》，这部书本是中国人编写，期望传至外藩，外藩人使用后可断根绝后。

李祖白等人在选择荣亲王下葬时间和地点的时候，不采用惯常使用的《历法通书》和《选择丹书》，而专门采用《蛮灭经》，其罪戾重大，用意不言自明。

这是一项十分严重的指控，按照杨光先所提供的证据，李祖白等人简直是在借传播宗教之名，行灭绝华夏之实。

刑部采信了杨光先的说法，将汤若望等人的罪名定为大逆之罪，并根据刑律提出拟处理方案：将汤若望、李祖白等钦天监官员凌迟处死；相关人员之子斩立决；不及岁之子、妻室、家人、地亩、财物等严查入官。

前面的指控在顺治和康熙看来，都不是什么事情，但是最后这一条却是皇家不能容忍的大罪。如同李祖白等人所说，这是要灭绝华夏。当然，这个罪名今