意味着逆卡巴拉开始了

初号机直接发动

被插在月球上的朗基努斯之枪也就是卡巴拉生命之树的残躯回归

十架量产机作为分支

卡巴拉生命之树逆转

神诞生了

所有人类失去AT力场，回归莉莉丝的身体，回归LCL之海

但seele还是失败了

因为真嗣驾驶的主导下

人类补全是以他为主导

而非seele的无主导

所有人类消失

仅有真嗣因强大的at力场从LCL之海中脱离

他带着已经完全失去了意识，由于链接着二号机而神经而完全体验了一遍‘被分尸’而无比痛苦失去了意识的明日香回到了岸上。

剧情结束。

剧场版剧情（序破急终）：

剧情版和正片大差不差

不过在人类补全计划上有一点分歧

正文是需要亚当和莉莉丝的结合

而剧场版则是只要任何一台EVA吞噬了使徒的s2机关就会引发第三次冲击

也就是人类补全计划

以下是剧场版序破急终的剧情：

大概分歧点还是在力天使

不同于原着中初号机吃掉了力天使的S2机关之后无事发生

剧场版中初号机吃掉了S2机关后立即完成了补全

引发了第三次冲击

幸存的人们在地球的废墟上重建家园

初号机由于第三次冲击升入太空

在十年后被美里带领的幸存者机关WILLE重新打捞回来

初号机作为WILLE飞船的核心被拿走

真嗣从中脱离

但因为引发第三次冲击的缘故

被所有幸存的人类敌视

就在这时，凌波丽突然袭击了WILLE的飞船，呼唤了他的存在

他本来以为呼唤自己的是自己在力天使口中撕裂出来的那个最初的凌波丽

但实际上那个凌波丽并未被拯救，或者说没有在现实中被拯救

这个凌波丽是被碇源堂重新制作出来的复制体

制作她的关键在于救回真嗣

之所以要救真嗣是因为人类中只有真嗣拥有和使徒一样强大的at力场

凌波丽救回了真嗣后，真嗣在NERV的废墟上认识了第十三使徒。自由天使