尔哈赤从佛阿拉城迁都到赫图阿拉。这是他从11岁离家后，第一次以一个王者的身份重归故里。万历三十六年，努尔哈赤停止向明廷进贡。明封闭互市二年，使女真大量马匹无处可买，殃及人参也卖不出去，烂掉三十余万斤。为应对明廷封锁，努尔哈赤苦心研究出晒干法，使人参得以保存，价格倍增。万历四十一年，建州攻占乌拉城，乌拉灭亡。对外扩张的同时，努尔哈赤还筑城池、设大臣、定法律、理诉讼， 建立八旗制度。八旗制度按军事组织形式，把女真人收编起来，在贵族控制下进行战争和生产活动，是一种兵民合一的社会组织。八旗制度促进了女真社会的发展，巩固了努尔哈赤的统治地位。万历四十三年，是努尔哈赤为建国做准备的最后一年。他最后一次派使臣赴京朝拜，表示对明廷的忠诚，并把孔子请到辽东，兴建佛寺、道观、文庙等七大庙宇，三年后全部竣工。

在天命元年，努尔哈赤在赫图阿拉建国，建元“天命”，国号“金”，史称后金，群臣上尊号为覆育列国英明皇帝，自尊为天命皇帝。帝业由清太祖开创，所以清史中尊努尔哈赤为开国皇帝。后金国是满族先人继创建渤海国、金国之后建立的第三个地方自治政权。 天命三年，努尔哈赤发布“七大恨”，誓师伐明。 天命四年，明军集结全国精锐二十万和朝鲜等军队，号称四十七万大军，向辽东发起进攻，兵分四路进军。努尔哈赤在萨尔浒一带连破三路明军，歼灭明军约5万人，缴获大量军用物资，明军除行动迟缓的李如柏一路败退幸存外，其余几路被后金全歼。自此，明朝在东北的统治开始瓦解。又灭亡叶赫，至此海西女真被统一。

据说，叶赫部首领布扬古临死前曾对天发誓：“我叶赫那拉就算只剩下一个女人，也要灭建州女真。” 因此，民间一直流传着叶赫那拉与爱新觉罗世代为仇。

到了天命十年的春天，努尔哈赤迁都沈阳。从此沈阳成为后金的统治中心 。努尔哈赤攻宁远城不下，转攻觉华岛并破之；同年四月，努尔哈赤率军征蒙古内喀尔喀五部。七月中旬，努尔哈赤身患毒疽，前往清河汤泉疗养，后病逝，终年六十八岁。

努尔哈赤死后，第八子皇太极继位，建元“天聪”，皇太极继位之初，后金面临的形势十分严峻。外部处境孤立，受到明朝、蒙古、朝鲜的包围。内部由于贵族分权势力的矛盾，冲突日益严重。皇太极逐步建立国家统治机构，取代八旗制度所行使的国家权力。皇太极继续对明朝展开攻势，并联合蒙古各部，势力不断扩大。后来皇太极病死，福临继位，改元“