你曾说我有一天会老。真到哪一天，你从益州回来，我们还会相见。”因推辞不掉，萧纪只好赴任。

萧纪入蜀时蜀地十分萧条，为躲避战乱，不少蜀人已离开家乡，许多城市因而空废，于是原本生活在贵州的少数民族僚人陆续迁入蜀地遍布各处。

过去益州官员通常每年要征伐僚人，靠俘虏僚人作家奴或掠夺僚人财产以补公、私之需。而萧纪对僚人采取了以抚慰为主的手段，改变了过去强迫性的征税方式，比较好的处理了民族关系。萧纪又将那些已空废多年的城市恢复设置，改变了蜀地无序混乱的状态，如萧纪设立的邛州和戎州，之前已空废了百年以上，而如今这俩座城市还在，只是名称已改作邛崃和宜宾。

自西晋末年至萧纪入蜀前的二百年间，蜀地战争频繁，蜀人反抗暴政的事件此起彼伏，因而古人有“蜀人乐祸贪乱”或“天下未乱蜀先乱”的定论。而萧纪在蜀持政的十七年期间，基本没有出现过民变，蜀地得以休养生息。萧纪还向南开拓了宁州（今云南省东南部）、越巂（今四川攀西地区）两郡，使这些地区在脱离中央政府近二百年后纳入了南梁的疆域。

萧纪向西又与吐谷浑通商，使远在新疆、中亚一带的西域各国与益州间的陆路交通畅通。此后西域各国的使节均经过益州中转到达梁国首都建邺（今江苏省南京市）。同时期，民间商业往来也十分活跃。不少经商的西域人来四川定居，如隋代着名学者何妥的父亲何细胡是粟特人（生活在中亚一带的印欧人种），入蜀后在郫县安家。他被萧纪任命为财政官员，管理益州的金银锦帛，何家乘此机会成为了蜀中巨富。

治理成都期间萧纪政绩卓着，为蜀地经济恢复和发展做出了杰出贡献。《资治通鉴》评价他“内修耕桑盐铁之政，外通商贾远方之利，故能殖其财用，器甲殷积。”梁武帝对萧纪的表现非常满意，于是加封他为征西大将军。

萧纪曾经令世子萧圆照，领兵三万，受湘东王萧绎节度，会兵讨伐侯景。萧绎命萧圆照屯守白帝城，未许东下，至梁武帝饿死，萧纪将督兵自行，又为萧绎所劝阻。

萧纪次子江安侯萧圆正为西阳太守，为人宽和好施，许多人都归附他，有兵力一万人。萧绎忌恨萧圆正得人心，于是想除掉他。于是萧绎先是提名萧圆正为平南将军，等萧圆正到了江陵，萧绎却不见他，而是让南平王萧恪和他喝酒，把他灌醉后将其囚禁。随后萧绎瓜分了萧圆正的部下，再指使人告发其犯罪，萧绎和萧纪的关系就此破裂了。

萧纪颇有武略