460年）的时候，孝武帝刘骏以其多日托病为由让其白衣领职，敲打他一下。后转任为司空沈庆之的长史，行南兖州事。不久，被孝武帝调回京城担任廷尉卿。

当时有个叫解士先的人，告发申坦曾经与刘义宣同谋。当时申坦已死，他的儿子申令孙当时正担任山阳太守，自缚前往廷尉待罪。蔡兴宗于是向孝武帝刘骏上奏说：“如果申坦从前真是罪人，就算如今还活着，经过朝廷这么多次下的宽赦，也早已蒙受蒙宥了。申令孙与申坦天性相连，按理应为父亲隐讳。何况人已死亡，事情久远，追溯前事，追相诬讦，以礼法、刑律判断，都不合义理。如果解士先确实知道叛逆阴谋，当时就应该举报，可是包藏多年，如今却因私怨告发，更何况他自己说是路上听来的传闻，实在没有确定的主述人，而竟敢欺罔官府，罪行应该叛极刑。”孝武帝听从了他的意见。当时又有告状的百姓严道恩等二十二人，案情还未了结，还得参与廷尉审讯，按照当时的法律，这些人应该暂时拘押在尚方之中。蔡兴宗上奏孝武帝建议修改法律，认为告状百姓本意是为了求理，所以拘押时，应该不需要在他们身上加械具。假如拘押在尚方，对于告状人也会是苦事。以前遭到司徒刘义恭弹劾，被送到廷尉的武康令谢沈及郡县尉等十一人的案子，他们犯有知道仲良私自铸钱，却不擒拿的罪行，早已判刑结案。如今又准备送当初也可能参与此事的郡主簿丘元敬等九人到廷尉，但是他们有的却因病请假，有的去职已久。蔡兴宗建议孝武帝将这九人全部拘执到廷尉审讯。蔡兴宗的这些上奏和主张都被孝武帝刘骏听从和接受。宋主刘骏所以改革审讯制度，宽待百姓也是因为蔡兴宗提的建议而施行的。

有仪可象，其效如此！粲亦持正，吏治少清。惟宋主刘骏骄侈日甚，奢欲无度，土木被锦绣，赏赐倾库藏，财用不足，想出一个敛取的方法，每经刺史二千石，卸职还都，辄限使献奉，又召他入戏摴蒲，必将他宦囊余积，悉数输出，然后快意。仿佛无赖子所为。所得财物，又任情挥霍。

宋主刘骏曾于大明六年（462年）毁掉宋武帝刘裕住过的阴室，在那里兴建了玉烛殿。当时他和手下大臣一起前去观看，旧屋床头上还有一截土墙，墙上挂着麻葛灯笼和麻线蝇拂。侍中袁顗看后，盛赞刘裕节俭朴素的品德。宋主刘骏没有接话，只是说：“老农有这些东西，已经过于富裕了。”

（老农是对刘裕的蔑称）

刘义恭自诸王被祸，日夕忧惧，他本兼领扬州刺史，因恐权重遭忌，一再表辞。宋主刘骏乃令自己