同修国史，当然也受到牵连，北魏太子拓跋晃曾经向高允处受学经典，意图营救，便召高允与语道：“我导卿入谒内廷，至尊有问，但依我言，当可免罪。”

高允佯装是为遵嘱，随太子拓跋晃进见北魏主拓跋焘。太子拓跋晃先入内宫，谓高允小心慎密，史书之事俱由崔浩主持，与高允无涉，请贷高允死罪。北魏主拓跋焘乃召高允入问道：“国史统出崔浩手么？”

高允跪答道：“太祖记是前着作郎邓渊所作，先帝记及今上记，臣与浩共着，浩但为总裁，至下笔着述，臣较浩为更多。”

魏主拓跋焘闻言，不禁盛怒，瞋目视向太子拓跋晃，道：“高允之罪比崔浩为大，如何得生？”

太子拓跋晃看见父王发怒，顿时面有惧色，慌忙跪求，说道：“天威严重，允系小臣，迷乱失次，故有此言。臣儿曾向允问明，俱说是由浩所为。”

魏主拓跋焘（北魏太武帝）又问高允道：“东宫所陈，是否确实？”

高允闻言，从容回答道：“臣罪当灭族，不敢虚妄，殿下哀臣，欲丐余生，所以有此设词。”壮哉高允。

魏主拓跋焘闻言，怒意已然少有缓解，复转而看向太子拓跋晃，说道：“这真好算得直臣了！临死不易辞，不失为信，为臣不欺君，不失为贞，国家有此纯臣，奈何加罪！”便谕令起身，站立一旁。

复而召崔浩入宫问讯。崔浩面带惊惶，不敢详细回应问对。

魏主拓跋焘于是令左右之人牵崔浩使出，即命高允草诏，要诛杀崔浩及僚属僮吏，凡百二十八人，皆夷五族。

高允听了北魏太武帝拓跋焘之命令，却持笔不下，魏主拓跋焘一再催促，高允搁笔奏请道：“崔浩若别有余衅，非臣所敢谏诤；但因直笔触犯，罪不至死，怎得灭族！”

北魏主拓跋焘听了，又发起怒，喝令左右之人将高允拿下。太子拓跋晃更为哀求，北魏主拓跋焘乃霁颜道：“非允敢谏，更要致死数千人了。”太子拓跋晃与高允，拜谢而退。

太平真君十一年六月初十日（450年7月5日），北魏太武帝拓跋焘下诏诛杀崔浩。

崔浩被关在囚车里，由士卒押送到平城南郊，押送的几十名士兵在他的头上撒尿。崔浩无法忍受，“呼声嗷嗷”，在路上行走的人都听得清清楚楚。史称“自宰司之被戮，未有如浩者”。同时，“秘书郎吏及长历生”数百人也被定罪杀死；而清河崔氏同族无论远近，包括其姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都被连坐灭族，史称“国史之