这些只是表面上的原因，真正的原因是因为当时佛教的发展形成了强大的寺院经济，严重影响了北魏的经济结构和赋税收入。

寺院在占有大量土地的同时，还拥有大量的依附人口，称之为僧祗户。僧祗户每年需向寺院输谷六十斛，而寺院却有免役调租税的特权，埋下了朝廷和寺院间矛盾的伏笔。当僧众人数少，依附人口不多，僧众又能劝人为善、服从统治时，双方的矛盾还不突出。等到僧众的人数多了，又不能有效劝导民众，甚至包庇一些叛乱人员，严重影响朝廷税收和统治秩序时，双方的矛盾就变得很突出了。每当寺庙多一个僧徒，即意味着朝廷就少一个丁男的赋役。

当时跟随北魏太武帝拓跋焘身边的臣子崔浩，趁机建议拓跋焘立即禁佛。北魏太武帝拓跋焘于是下诏，诛杀长安城内的沙门，并且毁弃佛像。并令太子拓跋晃通令天下四方，一体推行毁佛措施。

北魏太武帝拓跋焘在诏敕书中说：佛教本是虚妄的，末世昏君乱主多被佛教所惑，以致不行政教，大乱礼仪，而鬼道（佛教）从西域传来，在华夏兴盛，蔑视王法，从此以后，国家代兴祸乱，而百姓多灾多难，王化之地亦为荒凉，乃至千里萧条，不见人迹，这一切都是由于崇拜佛教所导致。

并且北魏太武帝拓跋焘为此发誓，要除伪（佛教）定真，以复远古伏曦神农之治，荡除一切胡神，灭其踪迹。

北魏太武帝拓跋焘于是在诏书中说：自今以后，敢有事胡神及造形像泥人、铜人者，诛灭全族。“虽言胡神，问今朔人，共云无有，皆是前世汉人无赖子弟刘元真、吕伯强之使，接乞胡之诞言，用老庄之虚假，附而益之，皆非真实，至使王法废而不行，盖大奸之魅也。有非常之人，然后能行非常之事，非朕孰能去此历代之伪物？有司宣告征镇诸军、刺史，诸有佛图形象及胡经，尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之。”

因此被屠杀的僧尼达有十数万之多。

这道毁佛诏令主要是由崔浩负责执行的。道士寇谦之虽然想弘扬本土道教，但是并没有因此排斥佛教。他看见崔浩和皇帝如此一起主张禁佛，并且用如此残酷的方式毁佛时，他也感到震惊害怕了。

寇谦之为了阻止这种残暴的禁佛方式，他劝崔浩说：“佛教本来教义是劝人行善，以化人心，本质是好的。僧人有好有歹，不代表是佛教的过错，如此残忍禁止，也非好事。”

崔浩反驳道：“寺院泛滥，国家的男丁为逃服役的，一个个当和尚，那还了得，早就看佛教不顺眼了，就该杀光光