裕闻讯大怒。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的亲兵暗暗跟在后面。褚皇后听到兄长来了，于是出外相见。亲兵则是乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。零陵王司马德文摇头拒绝说：“佛教教义中说，人凡自杀，转世不能再投人胎。”

兵士闻言，便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。司马德文被杀时，年仅三十六岁，谥号恭皇帝，十一月辛亥（12月16日），葬于冲平陵，宋主刘裕带领文武百官亲临送葬。

且说宋主刘裕既弑杀晋恭帝司马德文，自谓日后无患，遂重用徐羡之、傅亮、谢晦三人，整理朝政，有心求治。可奈年华已迈，筋力就衰，渐渐的饮食减少，疾病加身；到了永初三年春季，宋主刘裕竟至卧床不起。长沙王刘道怜，司空录尚书事徐羡之，尚书仆射傅亮，领军将军谢晦，护军檀道济，竝入侍医药，见宋主刘裕时有呓语，于是请前往祷告神只，宋主刘裕却不许。但使侍中谢方明，以疾告庙，一面专命医官诊治，静心调养。幸喜服药有灵，逐渐痊愈，于是命檀道济出镇广陵，监督淮南诸军。

太子刘义符素来是狎昵群小，及宋主刘裕得病时，更是喜好游狎。谢晦颇以为忧，俟宋主刘裕病瘳，于是进言道：“陛下春秋已高，应思为万世计，神器至重，不可托付非人。”

宋主刘裕知他言出有因，徐徐答道：“庐陵何如？”

谢晦答道：“臣愿往观可否。”于是出去面见刘义真，刘义真雅好修饰，至是益盛服与谈，娓娓不倦。谢晦不甚答辩，回去报告宋主刘裕说道：“庐陵才辩有余，德量不足，想亦非君人大度呢。”

宋主刘裕于是派出刘义真去镇守历阳，都督雍、豫等州军事，兼南豫州刺史。既而宋主刘裕又生了疾病，病情且日益加剧，有时蒙眬睡着的时候，但见有无数的冤魂，前来向他索命，且看见故晋安、晋恭二帝，亦时常来到宋主刘裕的床前。

晋安帝和晋恭帝的鬼魂向他索命呼喊，刘裕心中甚感不感，其实就是刘裕作恶杀人太多，疑心生出暗鬼。那些噩梦幻象，往往把他惊醒，汗流浃背。刘裕自思：鬼魅萦缠，病必不起，于是召传太子刘义符，让他来到榻前面，嘱咐道：“檀道济虽有武略，却无远志，徐羡之、傅亮事朕已久，当无异图；惟谢晦屡从征伐，颇识机变，将来若有同异，必出是人，汝嗣位后，可处以会稽、江州等郡，方免他虑。”专防谢晦，当是尚记前言。又自为手诏，谓后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临