毁车辆，还在接受调查时诬陷邓攸。邓攸自知无法与他争辩，便假称是为弟妇温酒，以致引起失火。但石勒却赦免了邓攸，未加治罪。后来，引起失火的胡人感念邓攸的恩德，自缚去见石勒，为邓攸辩白，还暗中赠以马驴。诸胡人得知，无不叹息，对邓攸敬服不已。

邓攸虽接受石勒任命的官职，但仍想返回晋朝，因此在石勒兵渡泗水时趁机逃离。

邓攸从石勒军中逃离后，带着妻儿逃难。他自知不能同时保住儿子与侄子，便对妻子贾氏道：“我弟弟早死，只有一个儿子，按理不能使他绝嗣，只能舍弃我们自己的儿子。如果我们能够幸存，将来一定能再生儿子的。”贾氏含泪应允。但儿子被丢弃后，却总是追上父母。邓攸只得将他绑在树上，带着妻子与侄子离去。

他砍坏车子，用牛马驮着妻子逃走，但中途又被强盗掠走牛马，只得步行逃难。邓攸逃到新郑（今河南新郑）后，依附当地坞主李矩。

邓攸在李矩门下三年，后打算离去，却被李矩拒绝。此后，不论是司空荀组任命邓攸为陈郡、汝南太守，还是晋愍帝征拜其为尚书左丞、长水校尉，李矩始终不肯让邓攸离开。但是邓攸最终还是偷偷离去，前往许昌（今河南许昌）投奔荀组。李矩为此恼恨不已，过了很久才将邓攸的家属送还于他。

东晋建立后，邓攸因与刁协、周顗交好，遂渡江南下，被晋元帝任命为太子中庶子，后又拜为吴郡太守。他赴任之时，自载米粮，平时只喝吴郡的水，并不接受俸禄。

太兴二年（319年），吴郡发生饥荒，饿死百姓无数。邓攸上表朝廷，请求开仓赈济，而后未等朝廷答复，便擅自开仓救济饥民。后来，尚书台派遣散骑常侍桓彝、黄门侍郎虞囗前往吴郡，慰劳饥民，访查邓攸的治绩。桓彝二人弹劾邓攸擅自开仓之罪，但朝廷却未予追究。

邓攸因病辞去吴郡太守后，被征拜为侍中，一年后改任吏部尚书。他平时弊衣蔬食，生活简朴，却经常扶危济贫。在与他人交往时，不论贵贱都能一视同仁，只是有些敬媚权贵。永昌二年（323年），邓攸又接替周顗，出任护军将军。

太宁二年（324年），王敦反晋。晋明帝密谋起兵平叛，改任邓攸为会稽太守。邓攸接到调令，便离职在家，不再管理护军府事务。但有朝臣与邓攸不睦，竟在明帝面前诬告邓攸，称他仍按旧例每月都向王敦汇报全国兵数。晋明帝虽没有相信，却将邓攸改任为太常。

王敦之乱平定后，晋明帝在南郊举行祭天大礼。邓攸病重未能参