话说永嘉七年（313年）二月，晋怀帝遇害。四月，占据长安的秦王司马邺称帝，即晋愍帝。

晋愍帝任命司马睿为左丞相、大都督（一年后又进位丞相），负责都督陕东诸军事，与右丞相、南阳王司马保“分陕而治”，试图拉拢他们共同抗击汉赵政权的攻势。但司马睿以“方平定江东，未暇北伐”为由，拒不执行愍帝要他收复洛阳的诏令。

当居住在京口（今江苏镇江）的祖逖上书要求出师北伐时，司马睿（晋宣帝司马懿曾孙，琅邪恭王司马觐之子）任命他为奋威将军、豫州刺史，只给了少量人员、物资，允许他自行募兵出击。

司马睿无暇北顾并非全是托词。在南方，不仅荆州的动乱一直未平，就连位居腹心的扬州也出现了麻烦。这时，不满于司马睿压制的周玘联合东莱大族王恢起兵，打算消灭北来士族，由南士取而代之。后因密谋暴露，周玘遂杀王恢灭口。司马睿不断调动，以羞辱周玘，使其忧愤而死。临死前要求其子对“诸伧子”复仇。

周玘死后，其子周勰在建兴二年（314年）利用吴人对司马睿的不满情绪，再度起兵，招募土豪，声言进讨执政的王导、刁协，声势浩大。司马睿采纳王导的建议，派在朝廷任黄门郎的周勰族侄周莚前往处理事变，最终以温和手段安抚了吴人。司马睿考虑到义兴周氏在三吴地区的影响力，所以没有深究此事，照旧安抚周勰，并任命不同意起兵的周勰叔父周札为吴兴太守，擢升周莚为太子右卫率。

就在此时，远在荆州的刺史陶侃击败杜弢所领导的流民起义军，并收复了湘州。陶侃的成功，引起了王敦的嫉妒。王敦此时都督江扬荆湘交广六州诸军事，担任江州刺史，并自行选置官吏，日益骄横。他乘陶侃在返回荆州的治所江陵之前辞行之机，将陶侃扣留，改为广州刺史，另派其从弟王廙接任荆州刺史。此举引发了荆州将吏的抗议，这使得王敦一度想要杀害陶侃，只是担忧与陶侃有姻亲关系的豫章太守周访干涉，故终未动手。

建兴四年（316年）十一月，在汉赵军的重围之下，长安内外断绝，兵疲粮竭，司马睿又始终拒绝派兵赴援，山穷水尽的愍帝被迫出降。当这一消息被传到江南时，司马睿整军宿营，作出一副发动北伐以解救愍帝的模样。数天之后，这场政治表演便不了了之。为了给自己解脱塞责，司马睿竟以“漕运稽期”的罪名冤杀丞相府督运令史淳于伯。然而淳于伯之死，引发了朝野部分人士的不满，一时“百姓喧哗，士女纵观，咸曰其冤”，连司马睿的心腹刘隗也出面为