兵御汉，所以臣不敢深入，只好还军。你要逞刁，看你将来如何保全？汉武帝本追忆李陵，悔不该轻遣出塞，此次听了敖言，信为真情，立将陵母及妻，饬令骈诛。陵虽不能无罪，但李陵母及妻，实是公孙敖一人断送。陇西一带士人都以李陵不能死节而累及家族为耻。

然后汉武帝就认为司马迁之前为李陵求情是欺骗自己，是想诋毁李广利将军而为李陵说情，认为他犯了大罪，应该死刑，于是把他投入狱中。

当时汉律规定死刑可通过缴纳赎金或接受宫刑豁免。根据记载，当时太史令的月俸约为六百石，而五十万钱赎金相当于四个月工资（按当时物价折算）。但是司马迁一直致力写作，而且家里家产不足以支付赎金，且他为官清廉，无多余财产可动用，也没有什么朋友可以借钱帮助他。

司马迁真的不甘心就这样死去，在监狱里他回想在汉武帝元封元年（前110年）春天，汉武帝东巡渤海返回的路上，在泰山举行封禅大典。

父亲司马谈身为参与制定封禅礼仪官员，却因病留滞在周南，未能继续前行，更因此而心中愤懑，以致病情加重。奉使西南的司马迁在完成任务后，立即赶往泰山参加封禅大典，行到洛阳，却见到了命垂旦夕的父亲。

弥留之际的司马谈对司马迁说：“我们的祖先是周朝的太史。远在上古虞舜、夏禹时就取得过显赫的功名，主管天文工作。后来衰落了，难道要断送在我这里吗？你继为太史，就可以接续我们祖先的事业了。如今天子继承汉朝千年一统的大业，到泰山封禅，而我不得从行，这是命中注定的啊。我死以后，你一定会做太史；做了太史，你千万不要忘记我要编写的论着啊。况且孝，是从侍奉双亲开始的，中间经过事奉君主，最终能够在社会上立足，扬名于后世，光耀父母，这是孝中最主要的。天下称颂周公，是说他能够歌颂周文王、武王的功德，宣扬周、召的遗风，使人懂得周太王、王季的思想以及公刘的功业，以使始祖后稷受到尊崇。周幽王、厉王以后，王道衰落，礼乐损坏，孔子研究、整理旧有的文献典籍，振兴被废弃了的王道和礼乐。整理《诗》、《书》，着作《春秋》，直到今天，学者们仍以此为法则。从鲁哀公获麟到现在四百多年了，其间由于诸侯兼并混战，史书丢散、记载中断。如今汉朝兴起，海内统一，贤明的君主、忠义的臣子的事迹，我作为太史而不予评论记载，中断了国家的历史文献，对此我感到十分不安，你可要记在心里啊。”

司马迁低下头流着泪说：“小子虽然不聪敏，但是一