生和战事危急的状态下，阿房宫工程即使不停工，也不可能按部就班地施工下去了。

当时，秦二世胡亥正与宫女宴饮作乐，看见李斯、冯去疾等人的上书十分恼怒， 下令要将他们逮捕入狱。

右丞相冯去疾和将军冯劫为了避免在监狱中受辱，选择了自尽。

赵高设计使秦二世胡亥对丞相李斯不满，然后又找机会向秦二世胡亥诬陷了李斯三个罪名：一是李斯原来参与了拥立胡亥即位，但后来总抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。二是李斯的儿子李由做三川郡守，而陈胜作乱经过三川郡时，李由却不积极镇压，因为他和陈胜是邻县的同乡。 听说李斯和陈胜他们也通过讯息。三是李斯作为丞相，权力过大，超过了皇帝，但还不满足，似乎有异心。

秦二世胡亥听了赵高的话，想抓李斯，但又没有真凭实据，就先派人监视丞相李斯。 李斯听到消息，就上书揭发赵高的劣迹。秦二世胡亥却不肯相信，反而将书信给了赵高看。

赵高知道和李斯是你死我活的斗争，就进一步地罗织罪名诬陷李斯。胡亥将李斯抓捕，交给赵高负责审理。

赵高自然不肯放过这个难得的机会，对李斯用尽了酷刑，逼李斯认罪。李斯无法忍受酷刑折磨，只得屈打成招。赵高拿着李斯的供词上报胡亥。

最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被处以极刑：先是黥面（即在脸上刺字，是秦朝的一种侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一种酷刑），砍断左右趾（即砍掉左右脚），又腰斩（拦腰斩断），最后是醢（音海，即是剁成肉酱），这在当时是最为残忍的一种处死方式，叫做“具五刑”，即是使用五种刑罚将其处死。

李斯有这样的下场也是自作自受，想当初秦始皇三十四年（前213年），淳于越以儒家的立场来看待秦朝的政治，同秦始皇的思想和行动是格格不入的，使得秦始皇大为不满，把淳于越交给丞相李斯处理。李斯不赞同淳于越的看法，他向秦始皇阐述了自己的观点。

李斯认为：由于时代的变化，五帝三代的治国办法也不同。三代时期的做法，也并不值得效仿。那时候诸侯并列，互相争夺，天下统一，情况完全不同，不必效仿古代。以古非今，搅乱民心。对于造谣惑众，不利于统一天下的言行必须禁止，否则将会影响政局的稳定，有损于皇帝的权威。最后，他又把这一切都归罪为读书的缘故，建议秦始皇下令焚书。

凡是秦记以外的史书，不是博士（指掌管古今文史