宣政院，初名总制院，是中国元朝时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。

至元元年（1264年）元世祖忽必烈下诏设立总制院，院使秩正二品，由当时的元朝帝师八思巴兼领，并设有院使、同知、副使等官员，下辖吐蕃地区各级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。当时全国藏区被划分为三个宣慰使司都元帅府（即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路），均受总制院管辖。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请根据唐朝在宣政殿接待吐蕃使臣之例而更名为宣政院，由帝师兼领，被批准，而且院使升从一品，与中书省、尚书省、枢密院、御史台并列。

根据元朝的规定，对于全国各省佛教和吐蕃地区的一般*务可设行宣政院驻当地处理，如遇重大军事则由宣政院与枢密院联合负责处理。他们凡是对汉地佛教有利的也做。

元朝掌管全国佛教事务并统辖吐蕃地区的中央机构。初名总制院，于至元元年（1264）设立，以国师八思巴领之。二十五年，尚书右丞相兼总制院使桑哥，以总制院统领吐蕃各宣慰司军民财谷，责任甚重，宜加崇异，奏请用唐朝皇帝在宣政殿接见吐蕃使臣的故典，改名为宣政院，秩从一品，用三台银印。以帝师领院事。置院使二员（后增至十员），其为长者常以朝廷大臣担任，位居第二者由帝师推荐僧人担任。宣政院官属得自选用，与中书省、枢密院、御史台并为元朝四个独立的任官系统。

灭宋后，即置江南释教都总统；至元二十八年，又分设行宣政院于杭州，掌江南各省佛教，其后曾两度废而复置。吐蕃发生变乱，亦设行宣政院前往当地处置，唯重大军事行动需与枢密院商议。诸路、府、州、县置僧录司、僧正司、都纲司，为宣政院下属地方机构，管理各地佛寺、僧徒。

至大四年（1311），罢僧录等司，凡僧人词讼皆归管民官决断。至顺二年（1331），复于各省置广教总管府十六所，掌管僧尼政事，由宣政院选僧俗官任达鲁花赤、总管等职。

元统二年（1334）罢。宣政院所辖吐蕃之地，分设三道宣慰司：吐蕃等处宣慰司都元帅府（又称朵思麻宣慰司）、吐蕃等路宣慰司都元帅府（又称朵甘思宣慰司）、乌思藏纳里速古鲁孙三路宣慰司都元帅府（又称乌思藏宣慰司）。宣慰司下辖安抚司、招讨司、宣抚司和