二员，从六品。都事二员，从七品。”下属官吏有掾史、宣使、译史（通事）等。征东行省左右司的特殊职掌，一是传达或秉承元朝的旨意在高丽国行事，二是转交高丽国百官给元朝的上书。

都镇抚司，是掌管军务的机构。《元史?兵志》记载：“遇方面有警，则置行枢密院，事已则废，而移都镇抚司，属行省。”都镇抚司长官为都镇抚、副都镇抚。在征东行省，元世祖时期为东征日本，在高丽国置万户中军、右军、左军。其后增置巡军、合浦、全罗、耽罗、西京等万户府。按照元朝制度，没有战争的时期，诸万户府由行省都镇抚司掌领。征东行省诸万户府中，元世祖时期为镇守日本设置的中军、右军、左军是领军的机构，其长官是元人还是高丽人，没有见到明确记载。后置的巡军、合浦、全罗、耽罗、西京等万户府，“无所领军，徒佩金符”，其长官主要是高丽人，如《高丽史》记载，高丽忠烈王十九年（1293），元以“李之氐为奉直大夫、合浦等处镇边万户府副万户、行中书省副镇抚”。

理问所，是掌管法律诉讼的机构，理问所下设有监狱。置“理问二员，正四品，副理问二员，从五品，知事一员，提控案牍一员。”征东行省的理问所掌理的法律诉讼案件，一是受理行省属官或高丽国官员犯罪案件，如巡军千户申青品行不端，且得罪时为世子的高丽忠惠王，及“忠肃薨，忠惠立，令权省洪彬囚青于理问所，命耆老府院君权溥等，疏青罪”，告行省其诸种罪行，“行省录其书，授金永煦呈中书省”。二是受理高丽国民投诉的案件。行省执法以元朝法律为准，元法与高丽国法律不同，致使一些人钻空子，由于行省的特殊地位，“于用刑之际，绳之以元朝之法，则（高丽）有司拱手而不敢言”。三是受理高丽国处理不当的案件。理问所有权更改高丽国司法机关的判决，因此有时会出现省官滥用职权的事情。

儒学提举司，是掌管学校、科举之事的机构。元世祖至元二十六年（1289）九月，“置高丽国儒学提举司”。《元史?百官七》记载：“儒学提举司，秩从五品。各处行省所署之地皆置一司，统诸路府州县学校，祭祀教养钱粮之事，及考校呈进著述文字，每司提举一员，从五品。副提举一员，从七品。”征东行省的儒学提举司并不是具体管理高丽诸路府州县学校、祭祀教养钱粮之事的机构，而是倡导儒学，选拔参加元朝科举人选的机构。征东行省参加元朝会试的名额为蒙古、色目、汉人各1人，共3人。实际上，征东行省历年参加元朝会试的都是高丽人。关于征东行省