可之后，纽约在新教练拉里布朗的执教下，战绩一落千丈。

也是在这段时期，马布里和布朗产生了矛盾。由于和教练组公开争吵，马布里还引来了纽约媒体的差评。

但对于马布里来说，这才只是噩梦的开始。

2006-07赛季，传奇控卫伊赛亚托马斯接替布朗，成为尼克斯的新主帅。

原本对于托马斯，马布里是打小崇拜的，他也期待能在托马斯的执教下，重新找回状态。

可是，在2007年，连续发生了两件大事，让马布里和托马斯成了仇人。

第一件事情，源于托马斯2006年陷入的性骚扰丑闻。

2007年，法院开庭审理了此案。作为目击者，马布里被要求出庭作证。

用后来马布里自己的话说，“我是看着托马斯打球长大的，他是一位伟大的球员，但是我并不想因此而说谎，所以我陈述了事实，为此，尼克斯损失了大笔的金钱，而托马斯对我的看法和态度也发生了转变。”

2007年，也就是前年的新赛季开始，托马斯将总经理和主帅大权揽于一身，随后，他就迅速决定，让马布从首发改打替补，他甚至还对全队宣称，球队输球就是因为马布里打得不好。

这样的作法和说辞，显然让马布里感觉不受尊重，心情极度郁闷。

而接下来，前年的12月，一次更加严重的事件，彻底导致了马布里与托马斯、与纽约尼克斯的决裂。

当时的比赛，是一场尼克斯与太阳的关键战役，马布里的父亲在看台上助威时突发心脏病，被送往医院治疗。

作为主帅，托马斯在明知此事发生的情况下，却没有将这一情况告诉马布里。

而赛后，马布里赶到医院时，父亲已经过世。

之后，马布里在悲痛之外，也愤怒的表示：“我没办法再相信这些人，他们只是为自己的利益考虑。”

禁赛！甚至不允许马布里出现在训练场，这之后的故事更加狗血，马布里一度自掏腰包，坐上尼克斯的班机飞往客场，并在记者们面前诉说自己遭遇了不公正的待遇。

崇尚防守的拉里布朗不待见马布里，可崇尚进攻的德安东尼同样不待见他，双方各执一词，互不相让，但受到最大伤害的应该是尼克斯的忠实球迷。

最后当马布里或者托马斯出现在曼哈顿大街时，总有尼克斯的球迷停下车来，摇下车窗对着他们大喊：斯蒂芬，你和伊塞亚到底哪一个先滚蛋？